
Der Ortsname kann als "Heim des Zwival" gedeutet werden.
Das Straßendorf wurde 1348 erstmals als "Zweivelsheim" im Bamberger Urbar erwähnt. Im Jahr 1447 zur Pfarrei Veitsbronn gehörig, pfarrt Zweifelsheim, ebenso wie Höfen, seit 1807 zur evangelischen Kirchengemeinde Puschendorf.
Seit 1818 bildet der Ort zusammen mit Höfen eine Gemeinde. 1972 kamen die Orte im Zuge der Gebietsreform zu Herzogenaurach.
Der Münchauracher Bildhauer Nahr errichtete 1922 das Ehrenmal für die Gefallenen des Weltkrieges nach einem Entwurf des Regierungsbaumeisters Stähle.
Mit Stichtag 02.01.2012 zählte Zweifelsheim 148 Einwohner.